Sistema de determinación del sexo: En la abeja melífera existen unos alelos, llamados alelos sexuales (X) que son complementarios de la determinación del sexo. Como vimos anteriormente los individuos haploides son machos (ellos presentarán solo un alelo X, por ejemplo X3). Los individuos diploides son hembras, pero solo si presentan una combinación heterozigótica para esos alelos sexuales (por ejemplo X3/X5). En el caso de un individuo proveniente de un huevo fecundado pero homozigótico para tales alelos (por ejemplo: X3/X3) será un macho diploide que es comido por las obreras pocas horas después de eclosionar. Esto presenta una limitante en el mejoramiento pues al realizar cruzamientos de individuos emparentados, se llega a altos grados de consanguinidad y parte de la progenie no es viable a causa de esos machos diploides. Por ejemplo, si usamos semen de un zángano para inseminar una reina hermana de este es probable que el 50 % de la progenie sea inviable dependiendo del genotipo del mismo.